O microscópio de força atômica (AFM) é um instrumento capaz de revelar a estrutura de átomos e moléculas sem utilizar lentes ou luz para formar uma imagem. Em vez disso, ele emprega uma ponta extremamente fina, cuja extremidade possui apenas alguns átomos, que percorre lentamente a superfície da amostra. Durante esse movimento, a ponta sofre pequenas atrações e repulsões causadas pelos átomos da molécula. Essas variações são registradas por sensores muito sensíveis e transformadas por um computador em uma imagem detalhada da superfície.
Quando moléculas como o pentaceno (ver abaixo) são analisadas, técnicas modernas permitem obter imagens com resolução tão alta que é possível distinguir o formato da molécula e até mesmo a posição de muitos de seus átomos e ligações químicas.